Кроме сетей, Windows сервера необходимы и для работы Веб-приложений ASP.NET. Несмотря на то, что Mono поддерживает частично (возможно уже и полностью, не знаю) ASP.NET, разработчики всё равно выбирают Windows, т.к. это родная платформа с поддержкой и кучей справочных материалов.
О том, кто (из крупных Веб-сайтов) использует ASP.NET, можно посмотреть здесь:
http://asp.net/get-started/. Насчёт администрирования - IIS 7 заслуживает всяческих похвал - удобная и тонкая настройка через Web.config, полная интеграция с ASP.NET и т.д.. Ну и я думаю что RDP (Remote Desktop) безусловно удобнее SSH, хотя наверное есть и аналоги RDP для Linux. Правда, IIS 7 можно будет начать использовать в промышленности только после выхода Windows Server 2008. Но с шестым в целом тоже особых проблем нет.
Удобный пользовательский интерфейс должен быть и на стороне сервера, это позволяет быстро решать возникающие проблемы с программным обеспечением. Например, можно легко зайти на сервер, открыть SQL Server Management Studio и выполнить нужный скрипт. При этом, когда студия и на сервере и локально одинаковая - не возникает некоторых дополнительных трудностей, связанных с использованием командной строки. Т.е. RDP это не "штучки" или "навороты", это реально удобный инструмент.