просто механизм репутации не очень продуманный (в этом движке) - растет пол кол-ву постов, а не полезности и оценке экспертов.

я бы сделал по другому, если такое возможно (ЭЛ): экспертная группа проставляет оценки другим. В целом по юзеру показывается его средний (или общий, надо смотреть, что правильнее) бал оценки.

При наборе какого-то минимума он попадает в экспертную группу и после этого также может давать оценки другим.

Таким образом круг экспертов (оценщиков) строго контролируется.

на forum.searchengines.ru такой же движок форума, если не ошибаюсь.
Механизм репутации там очень продуман на самом деле. Правда я не знаю, предоставляет ли это сам форум или это девелоперская надстойка.
На упомянутом форуме как раз-таки репутация растет в основном от оценки экспертов. Соотвественно, от эксперта участник автоматически получает голосов больше, чем от прочих равных. Учитывается время регистрации на форуме, одному и тому же участнику нельзя понижать репутацию бесконечно одним и тем же пользователем и т.д и т.д
Соотвественно эксперты - это те, у кого большая репутация. Ее нужно сначала раздать участникам форума сразу (или только модераторам), а потом уже она сама будет у кого надо расти и понижаться.
Если у участника в профайле минусовая репутация, то обычно с ним гораздо реже спорят и т.д.
В оффтоп-темах (разговоры, курилка и т.д) на репутацию нельзя воздействовать и т.д и т.п
Если участник ставит плюс другому в репутацию, то этому другому добавляется не просто один балл, а дифференцируемый балл в зависимости от репутации первого.
Т.е если первый имел репутацию с 1000 очками и оценивает пост другого, то тому добавляется (отнимается) что-то около 50-60 очков.
Дифференцируемость вводится при достижении определенного кол-ва очков в репутации. Например, начиная с 300. Т.е, если у участника до 300 очков, то его оценки на очки других участников пока не влияют, а уже начиная с 300 очков - идет влияние...

Здесь же не очень нравится, когда под каждым постом показывается, кто сколько раз сказал спасибо и т.д. Это хорошо, еще постов тут мало. А что будет потом? Уж лучше чтобы такая статистика была закрытой. И дифференцируемые оценки неплохо бы ввести хоть в каком-то виде.

Да на том же античате система репутации прямопропорциональна собственной репутации, т.е. тем больше твоя, тем больше ты можешь её понизить или повысить кому-либо другому.

Не делайте открытий. Администратор хорошо знает, что у него на форуме. Я прекрасно осведомлен о системе репутации vBulletin. Нам она не подходит. И дело тут не в том как считается. Есть другие причины, которые я не буду озвучивать.

Не связаны ли они с тем, что форум официальный, а репутация официального лица, занимающего достаточно высокий пост может стать отрицательной?

Скажем не отрицательной, а нулевой.

...плюс щекотливые вопросы субординации, я полагаю.

Как вытекающие.

да, поэтому стандартные системы не очень применимы, здесь должно быть гибче и умнее

необходимо добавить пункт - Нарушение OPEN ID. Для некоторых пользователей есть обязательные моменты.