Иначе говоря, не зная причину и использованную уязвимость и просто восстановив «как было» сервер будет так же уязвим как ранее?
Ндэ… не очень радужные перспективы.

Ну что ж, остается только пожелать удачи и чтоб больше не ломали.

Нет. Мы полностью переустановим сервер, и разумеется уже с новым софтом. Восстанавливать работу заведомо дырявой системы , разумеется, мы не будем.

СТОП. Если Вы имеете в виду защиту на уровне железа - это не про нас, так как этот сервер вообще находится на колокейшане за границей... И потом, соизмеряйте прибыль с расходами. Покупка всяких сверхнавороченных железок у нас просто не окупится, так что об этом можно даже не думать. Если бы действительно было много лишних денег, то и бэкапы на отдельных серверах бы у нас тоже постоянно складывались.

Так там невозможно настроить неправильно. :) На то там и стоит панель управления. Тем более, что мы специально купили русскую локализацию для плеска, дабы люди не запутались.

Конечно теперь мы продумываем как лучше настроить бекап сервера, чтобы не грузить систему, и ещё куда то это всё сложить. (кстати, так же, буду очень признателен, если кто-либо что-либо посоветует)

А что именно и как(процессор, память, винты) грузит сервер ?
У нас на всех хостинг серверах настроен ежедневный бэкап всех баз и еженедельный бэкап пользовательских файлов(инкрементальный).
По графикам конечно виден рост загрузки процессора и дисков во время бэкапа, но ничего особо криминального нет, сервера не виснут, не тормозят.
Места тоже я бы не сказал что много занимают. Базы зипуются и весят совсем мало, файлы копируются инкрементально.
Скажем если все сайты с базами занимают у вас 100 Гб, то под бэкапы вполне хватит 300 Гб(хранить можно год). С учётом текущих стоимостей жёстких дисков вполне можно себе это позволить.

Насколько известно из сообщений Тимура, прежде чем вам стало так просто работать, вы поменяли всю структуру и логику ее работы. Если я не ошибаюсь.

Возможно пригодится.
http://www.hardened-php.net/suhosin/index.html

Я установил очень жёсткие ограничения по ресурсам и по безопасности для каждого домена и в целом оптимизировал работу системы.
Это резко повысило стабильность работы хостинг серверов(но всё равно пока хостинг работает хуже, чем мне бы хотелось).
Вообще считаю стабильную работу хостинга одним из моих крупных достижений в Саркоре.
Но тут речь идёт не совсем об этом - речь идёт о бэкапе. Он работал нормально и раньше(т.е тогда, когда с самим хостингом случались периодические проблемы).